Habilidades:
- Rin'nengan: La tercera y más temida técnica Dojutsu (Técnicas Oculares) el rin'nengan posee el poder tanto para salvar o acabar con el mundo. Se dice que el Sabio de los 6 Caminos, fundador del mundo ninja y creador del primer nijutsu, también lo poseía. Puede ver barreras invisibles al ojo humano, como aquellas que detectan invasores. Según Jiraiya, el Rin'nnengan le permite al que lo tiene controlar los 6 tipos de Chakra Elemental. La primera vez que se le ve activado fue al matar a unos ninjas de Konoha, que en un movimiento estúpido mataron a sus padres. Rin'nengan quiere decir Metempsicosis o Samsara, los procesos de reencarnación en las culturas Griega e Hindú respectivamente.
- Los 6 Caminos: Se dice que aquel que es capaz de controlar el Rin'nengan, es capaz también de controlar las técnicas de los 6 caminos, siendo éstas:
- 1° Camino: Gravedad (Atracción y Repulsión). Se basa en el uso de Fuerzas de Gravedad para atacar. Las técnicas principales son Shinra Tensei (Repulsión), Banshou Ten'nin (Atracción) y Chibaku Tensei (Centro de Gravedad). La fuerza de las técnicas es proporcional al chakra usado en ellas, y pueden variar desde simplemente desviar y empujar, hasta destruir una aldea entera. En todas las técnicas, excepto Chibaku Tensei, él es el Epicentro de las técnicas. Shinra Tensei es usado para lanzar objetos, empujar cuerpos, desviar objetos o deshacer jutsus lanzados hacia él, crear ondas de choque que destruyen todo a su paso, e incluso volar. Banshou Ten'nin es usado para atraer objetos hacia él, generalmente seguido de un ataque físico. Con Chibaku Tensei crea una esfera negra que actúa como un poderoso centro de gravedad y atrae todo lo que se encuentra alrededor de él (Árboles, piedras, e incluso cuerpos humanos), hasta crear una "Luna" con esos mismos objetos. Ésta última es la que requiere más chakra de las 3. Tras usar cualquiera de las técnicas, Pain debe esperar un tiempo proporcional al chakra usado para volver a usar cualquier técnica. Generalmente, 5 segundos.
- 2° Camino: Transformación (Alteración Física). Esta técnica le permite cambiar su cuerpo o el de los demás a voluntad, con base en algún patrón o modelo determinado. En caso de que Pain use esta técnica se representa como un cuerpo mecánico, del cual transforma a tener 3 cabezas, 9 brazos y una cola atada a su torso que termina en una navaja muy grande. Es capaz de lanzar su puño derecho como un misil, y sacar de su cabeza un rayo cósmico de la muerte. También tiene varios misiles dentro suyo.
- 3° Camino: Almas (Absorción). Como lo dice su nombre, este Camino le permite absorber almas manualmente. También es capaz de leer la mente de las almas que tiene en contacto. La Absorción de Almas también se lleva acabo con el Gedo Maso.
- 4° Camino: Invocación. Gracias a este Camino, Pain tiene a su disposición un gran número de Invocaiones, como son: Crustáceos gigantes, aves gigantes, camaleones con armadura, un cerbero que multiplica sus cabezas, un ciempiés gigante, un rinoceronte gigante y los demás cuerpos de Pain. También es capaz de Invocar al Gedo Maso.
- 5° Camino: Chakra (Absorción). Es capaz de absorber el chakra tanto de otras personas tocándolos físicamente, como de los ninjutsus que lo tocan, haciéndolos inefectivos. Ambas formas se manifiestan con un campo de fuerza que se genera alrededor de Pain.
- 6° Camino: "Juicio". Con este Camino, Pain invoca al "Rey del Infierno", un ser demoniaco gigantesco con el Rin'nengan y un sombrero patético que tiene cubierta su boca con un pedazo de ropa gigante. Ejecutando "Juicio", Pain toma a algún tipo por el cuello, y es cuando este tipo es capaz de ver al Rey del Infierno. Luego, Pain hace una pregunta, generalmente de sí o no. Si la víctima responde, su alma sale por su boca y el Rey del Infierno la evalúa con unas manos que salen de la suya propia. De ser verdad la respuesta, el enjuiciado sigue vivo. De ser mentira, muere y su alma es absorbida. En caso de negarse a contestar, lo anterior pasa pero con muerte segura.
- 7° Camino: Vida y Muerte (Liberación de Almas). Este último Camino, localizado en el cuerpo de Nagato, invoca de nuevo al rey del Infierno. Se representa de 2 formas: en la primera, el Rey del Infierno mete en su boca a un cadáver y lo saca revivido y curado. En la 2°, el Rey del Infierno abre completamente su inmensa boca y de ahí salen todas las almas de aquellos muertos recientemente en un área específica a voluntad de Pain. Estas almas regresan a sus cuerpos, reviviendo a aquellos fallecidos. Las almas son en general y no específicamente de los cuerpos asesinados por Pain. Por ejemplo, esta técnica liberó el alma y revivió a Hatake Kakashi, siendo que este no murió por la mano de Pain, sino por usar todo su chakra.
- Sello de los 9 Dragones Fantasma: Se requiere que él inicie este jutsu para sellar a los bijus dentro de la estatua de sellado.
- Kuchiyose: Gedo Maso (Técnica de Invocación: Estatua Hereje): Nagato usó esta técnica por primera vez después de la muerte de Yahiko. Esta técnica invoca a una estatua gigante con forma humana, muy similar a la Estatua de Sellado. Cuando Nagato y la estatua se conectan por medio de los transmisores, Nagato es capaz de controlar a un dragón fantasma que sale de la boca de la Estatua, el cual arranca el alma de las personas en cuanto la toca. Se pude asumir que este es el inicio de los 9 Dragones Fantasmas, así como las técnicas de Ningendo.
- Cambio de Forma: Puede crear réplicas exactas de algún subordinado suyo usando sacrificios humanos.
- Transmisión de Chakra: Gracias a los transmisores que tiene insertados, Nagato puede enviar ciertas cantidades de chakra a otros cuerpos que tengan insertados otros transmisores. Estos transmisores se le fueron insertados por primera vez para controlar al Gedo Maso. La efectividad de los mismos depende de la distancia entre emisor y receptor: para controlar personas vivientes, deben de estar muy cerca. Así que, para trabajar a distancia, Pain usa cadáveres. Los seres vivientes que tengan insertados transmisores simplemente sentirán la presencia de Pain. Al ser los cadáveres controlados por Nagato, él ve lo que los otros 6 ven, y en general su vista está interconectada.
- Pain Rikudou: Posee 7 cuerpos. Cada uno de los cuerpos tiene transmisores insertados a manera de piercings (Con una temática de "6": todos los cuerpos tienen el mismo tipo de piercing 6 veces en la cara). Cada uno tiene su función específica:
- Reino Dios (Deva, Tendou): Cuerpo de Yahiko. Es también el cuerpo principal del Pain Rikudou. Posee el 1° Camino. Fue vencido por un Rasengan de Naruto.
- Reino Demonio (Asura, Shuradou): Cuerpo de un aldeano con un cuello bastante gordo y apariencia alegre. Posee el 2° camino. Es un cuerpo bastante persistente: fue aplastado por Choza Akimichi, atravesado por el Raikiri y seguía vivito. Aunque deshecho. Posteriormente fue curado por Naraka y chingado de un puñetazo por Naruto.
- Reino Humano: (Ningendou) Cuerpo de un Ninja de Takigakure con cabello largo. Posee el 3° Camino. Fue... humm... partido a la mitad o algo por el estilo... por el Rasen Shuriken de Naruto en su Forma de Hermitaño.
- Reino Animal: (Chikushodou) Han habido 2 cuerpos de éste reino: El de un tipo con cola de caballo, del clan Fuuma, y otro nuevo, de una mujer joven. Posee el 4° Camino. El primer cuerpo del Reino Animal fue asesinado y capturado por Jiraiya. El segundo es una chica cuyo cadáver fue rescatado por 2 ninjas de Amegakure y llevado a la torre de Pain. Éste segundo cuerpo fue puesto en K.O. (Knock-Out) por un Rasengan Doble de Naruto en su forma de Hermitaño.
- Reino Fantasma Hambriento (Preta, Gakidou): Cuerpo de un Ninja Gordo de Kusagakure. Posee el 5° Camino. Fue puesto en K.O. por la onda de choque de un puñetazo de Naruto en su Forma de Hermitaño, y luego revivido por Naraka Pain. Fue él quien consiguió capturar a Naruto, robándole su chakra. Después de esto, Naruto hizo que Gakidou consumiera demasiada energía natural, lo que lo transformó en una estatua de sapo (permanentemente).
- Reino Infierno (Naraka, Jigokudou): Cuerpo de un aldeano de cara seria. Posee el 6° Camino. Fue puesto en K.O. por un Rasengan doble tras una amplia estrategia de Naruto.
- Reino Exterior (Hereje, Gedo): Es el mismo cuerpo de Nagato. En este cuerpo se contiene el 7° Camino que se basa en revivir a las personas con la técnica Gedo: Rinne Tensei No Jutsu - Camino Hereje: Técnica de la Vida Celestial del Samsara (Ciclo de Reencarnación). Murió, y con el todo lo que es Pain, por falta de chakra tras ejecutar esta técnica.
- Fuuton: Repuusho: De niño, Pain/Nagato usaba el Fuuton: Repuusho (Liberación de Viento: Golpe de la Palma Violenta) para propulsar los Kami Shuriken de Konan, y crear un ataque más fuerte al hacerlo.